A Secretaria da Magistratura (Sema) coordena atividades relativas à vida funcional de juízes e desembargadores, desde o ingresso na carreira até a aposentadoria, bem como da estrutura organizacional de comarcas e foros distritais, regionais e centrais do Estado, por meio de suas diretorias
A SAAB - SECRETARIA DE ADMINISTRAÇÃO E ABASTECIMENTO coordena as atividades das diretorias e grupos que a compõem:
A SGP - SECRETARIA DE GESTÃO DE PESSOAS coordena as atividades das diretorias e grupos que a compõem:
A SGS – SECRETARIA DE GOVERNANÇA DE SISTEMAS coordena as atividades das diretorias e grupos que a compõem:
A Secretaria Judiciária (SJ), vinculada diretamente à Presidência do Tribunal de Justiça e criada pela Portaria nº 7.264/05, é responsável pelo planejamento, gerenciamento, controle e execução das atividades da área judiciária de 2ª Instância. Sua estrutura organizacional é composta atualmente por sete diretorias, cada uma com atuação específica, e dois serviços de apoio.
                    SJ 1 – Diretoria de Protocolo Geral, Entrada e Distribuição de Feitos Originários e de Recursos da Câmara Especial e Órgão Especial
                    Responsável pelo recebimento, protocolo e distribuição de processos originários e recursos específicos e pela expedição das certidões de distribuição em segunda instância.
                
                    SJ 2 – Diretoria de Entrada e Distribuição de Recursos
                    Responsável pela entrada e distribuição de recursos, bem como pela gestão do acervo de recursos em trâmite.
                
                    SJ 3 – Diretoria de Processamento de Direito Privado
                    Responsável pelo processamento de recursos e feitos de Direito Privado em segunda instância.
                
                    SJ 4 – Diretoria de Processamento de Direito Público
                    Responsável pelo processamento de recursos e feitos de Direito Público em segunda instância.
                
                    SJ 5 – Diretoria de Processamento de Direito Criminal
                    Responsável pelo processamento de recursos e feitos de Direito Criminal em segunda instância.
                
                    SJ 6 – Diretoria de Processamento do Órgão Especial e Câmara Especial
                    Responsável pelo processamento dos recursos e feitos do Órgão Especial e da Câmara Especial.
                
                    SJ 7 – Diretoria de Governança e Organização de Procedimentos
                    Criada em 2024, tem como missão padronizar, unificar e fortalecer os procedimentos administrativos e processuais da Secretaria Judiciária, promovendo a modernização e o aprimoramento contínuo das rotinas.
                
                    SJ 8 – Serviço Técnico e Administrativo de Apoio
                
                    SJ 9 – Serviço de Estatísticas e Indicadores de Desempenho
                
À SOF – SECRETARIA DE ORÇAMENTO E FINANÇAS cabe apoiar as atividades de planejamento institucional, gerir e executar os serviços do Tribunal de Justiça nas áreas de planejamento, orçamento (PPA – Plano Plurianual, LOA – Lei Orçamentária Anual, LDO – Lei de Diretrizes Orçamentárias, POS – Proposta Orçamentária Setorial), execução e controle orçamentário (empenhos, liquidações, pagamentos, restos a pagar e outros), exame e conciliação contábil (dos sistemas financeiro, orçamentário, patrimonial e de compensação); relatório de gestão fiscal, conformidade e outros), incluindo tomada de contas (prestações de contas de adiantamentos concedidos e verbas distribuídas às Administrações prediais e outras unidades do TJSP (Capital e Interior), além de gerir os recursos próprios advindos da arrecadação de receitas, convênios e outros do Fundo Especial de Despesa.
A SPr - SECRETARIA DA PRESIDÊNCIA foi criada pela Portaria nº 8.670/12 para a organização de atividades internas em razão da pluralidade de diretorias e coordenadorias vinculadas diretamente à Presidência do Tribunal de Justiça. A SPr atua em parceria com as demais unidades e secretarias do TJSP, interagindo com os cidadãos e com os demais Órgãos do Estado e da sociedade de maneira mais eficiente.
A SPr é subordinada ao presidente do Tribunal de Justiça e tem a seguinte estrutura:
A SECRETARIA DA PRIMEIRA INSTÂNCIA (SPI), criada pela Portaria nº 7.410/07 é responsável por representar os interesses das unidades do Primeiro Grau de Jurisdição junto às demais Secretarias, à Corregedoria Geral da Justiça e à Presidência do Tribunal de Justiça de São Paulo.
Entre suas principais atribuições estão propor regras e critérios para o funcionamento operacional das unidades e o atendimento ao público; realizar serviços de apoio ao funcionamento das unidades judiciais; aperfeiçoar recursos para o melhor desempenho das atividades; identificar, propor, orientar e implementar providências voltadas ao aprimoramento da Primeira Instância. É composta por seis diretorias especializadas, cada uma com atribuições específicas:
Cabe à STI - SECRETARIA DE TECNOLOGIA DA INFORMAÇÃO planejar, gerenciar, coordenar e executar ou definir a contratação de prestadores de serviços ou produtos tecnológicos visando atender às necessidades de Tecnologia da Informação e a modernização dos processos de trabalho do Tribunal de Justiça, através de gestão única das atividades de tecnologia da informação, e desempenhar papel estratégico e de apoio técnico ao Comitê de Tecnologia da Informação e a Comissão de Informática.